A aplicação diária de clorexidina no coto do cordão umbilical na primeira semana pós-natal é uma recomendação que depende do contexto de cada nascimento.
O único cenário que admite seu emprego aparece em ambientes onde tradicionalmente são usadas substâncias nocivas (por exemplo, esterco animal) no cordão umbilical. Em RNs com cuidado não higiênico do cordão umbilical (definido como o uso de substâncias nocivas no cordão, tais como pó, argila, lama e esterco animal), houve uma redução da mortalidade pela aplicação de clorexidina.
A recomendação está baseada em estudos da Ásia e da África com proporções elevadas de partos em casa e de lactentes de baixo peso ao nascer e alta mortalidade neonatal.
Tais estudos foram realizados principalmente entre os anos 2000 e 2010. A prevalência da onfalite (infecção do cordão) diminuiu desde então.